0,0
0,1
0,2

Цикл внутри тела другого цикла — обычная вложенность, у каждого уровня своя переменная счётчика/элемента:

Для Строка = 0 По 2 Цикл
    Для Колонка = 0 По 2 Цикл
        Сообщить(Строка + "," + Колонка);  // 0,0  0,1  0,2  1,0  1,1  1,2 ...
    КонецЦикла;
КонецЦикла;

Прервать выходит только из ближайшего

В 1С нет меток циклов и конструкции вида «прервать сразу два уровня» — Прервать внутри внутреннего цикла останавливает только его, внешний продолжит следующую итерацию как ни в чём не бывало:

Для Строка = 0 По 2 Цикл
    Для Колонка = 0 По 2 Цикл
        Если Колонка = 1 Тогда
            Прервать;  // выходит только из цикла по Колонка
        КонецЕсли;
    КонецЦикла;
    // сюда попадает на каждой итерации Строка
КонецЦикла;

Нужно прервать сразу оба уровня — завести булеву переменную-флаг снаружи, проверять её в условии внешнего цикла (или в Если сразу после внутреннего КонецЦикла) и явно ставить перед Прервать внутри:

НужноОстановиться = Ложь;
Для Строка = 0 По 2 Цикл
    Для Колонка = 0 По 2 Цикл
        Если Строка = 1 И Колонка = 1 Тогда
            НужноОстановиться = Истина;
            Прервать;
        КонецЕсли;
    КонецЦикла;
    Если НужноОстановиться Тогда
        Прервать;
    КонецЕсли;
КонецЦикла;

Если оба цикла — внутри отдельной процедуры/функции, часто проще выйти через Возврат, чем городить флаг.

Циклы